首先，从名称上看，两者的用途是不同的。工业内窥镜是工业用途的无损检测设备，能够观察弯曲的管子里面和人眼无法直视的部分，能够远距离观察和操作。工业内窥镜可用于方便、快速地检查各种机器、设备和组装物体的内部，而无需拆卸或损坏。它们广泛应用于石油化工、汽车零部件制造、航空航天、公安、轨道交通等行业。

医用内窥镜是常用的医疗器械，主要用于对人体的常规医疗检查和外科手术时，可以将内窥镜穿过人体的天然孔，或者将手术过的小切口导入检查对象器官，直接观察相关部位的变化，并与其他手术器械一起在体外进行体内的密闭手术操作。医用内窥镜功能性微创手术技术具有操作灵活简单、减轻患者痛苦、提高效率等优点，已被医生和患者广泛接受。其次，根据用途不同，对材料、图像等的要求也不同。因为医用内窥镜伸到人体内与人体会接触产生摩擦，为了避免产生不适感以及不必要的损伤，所以通常选用比较柔软的材料。工业内窥镜一般延伸到工业设施的内部，经常与金属等硬材质摩擦，因此选择耐磨性好的材料(例如钨钢线)作为外层。此外，两者的成像虽然都是清晰的，但是前者的用途是观察人体内部器官，因此更关注图像的色彩和柔和度；而工业内窥镜的观察对象是相对狭小空间内的金属，因此需要考虑金属反光、照明强度等问题，以确保成像的清晰。